"Os contatos da Funai com o local ocorrem apenas via rádio do líder Megaron. Segundo a autarquia, os 87 índios isolados estão num acampamento afastado 2 km da aldeia".
Fundação e autarquia são coisas diferentes. É um pouco complicado distingui-los sem usar linguagem jurídica, mas não podemos usar os dois termos como sinônimos.
As autarquias são o que chamamos de pessoas jurídicas de direito público. De direito público significa que apenas o Estado pode criá-las (o Zezinho das Couves não pode criar uma autarquia). Elas não exercem atividades industriais ou comerciais, mas apenas aquelas relacionadas ao interesse da sociedade. Tradicionalmente são definidas como entidades criadas por leis específicas para a realização de atividades especializadas de forma descentralizada. O problema é que essa é uma definição muito vaga. Elas, basicamente, visam atender objetivos que não podem ser melhor alcançados pela administração direta ou por qualquer das outras três formas de administração indireta.
Já as fundações são pessoas jurídicas de direito privado (ainda quando sejam estabelecidas pelo governo). As fundações públicas, assim como as privadas, visam objetivos não-econômicos. Elas não visam lucro. São constituídas visando algo diferente do mero retorno financeiro direto, como a educação, a saúde, o amparo ao trabalhador etc. Assim, a Fundacentro (ligado ao Ministério do Trabalho) visa difundir conhecimento sobre segurança e saúde no trabalho e meio ambiente; o IBGE (Fundação Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística) visa compreender e apoiar o desenvolvimento do Brasil através da coleta de informações estatísticas; a Funai (Fundação Nacional do Índio) visa o amparo das populações indígenas, etc. Nenhuma delas objetiva dar lucro.
Enfim, são coisas distintas e não devemos usar esses dois termos como sinônimos. Na dúvida, basta checar o site da instituição.